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公司新闻

盘点RNA序列捕获最新出炉文献(上)

发布时间:2015-03-24 14:14 |  点击次数:

上周末,一篇利用对lncRNA的捕获测序进行癌症研究的文章吸引了大家的眼球。其实这种针对lncRNA的捕获测序,正是利用罗氏NimbleGen最新上市的产品SeqCap RNA序列捕获探针库实现的。SeqCap RNA与传统外显子捕获测序方法几乎完全相同,然而当被捕获的文库从基因组变成了转录组,则可发现许多转录本可变剪切信息以及一些低丰度的转录本。





现在就让我们共同盘点一下关于SeqCap RNA捕获技术的几篇相关文献:

1.Nat Biotechnol. 2011 Nov 13;30(1):99-104. doi: 10.1038/nbt.2024. Targeted RNA sequencing reveals the deep complexity of the human transcriptome. Mercer TR1, Gerhardt DJ, Dinger ME, Crawford J, Trapnell C, Jeddeloh JA, Mattick JS, Rinn JL.

2011年,SeqCap RNA产品还未上市,就有研究者利用SeqCap外显子捕获产品对转录组序列进行了捕获测序。研究者们发现,通过这种捕获测序分析目标区域转录组的方法,可以鉴定出传统测序方法无法检测到的稀有的转录本,而且不会影响文库多样性或引入PCR扩增误差。此外,RNA 捕获测序还可以检测出未注释的外显子以及广泛研究蛋白编码位点。RNA 捕获测序的方法在目标区域有380倍富集效果,而传统RNA-seq方法需要100亿乘测序深度才能达到相同覆盖度。在捕获和测序前后,原始样本基因表达谱仍维持着高保真性,对实现样本定量分析有着巨大研究和临床应用价值。

2.Nat Protoc. 2014 May;9(5):989-1009. doi: 10.1038/nprot.2014.058. Epub 2014 Apr 3. Targeted sequencing for gene discovery and quantification using RNA CaptureSeq. Mercer TR1, Clark MB2, Crawford J3, Brunck ME4, Gerhardt DJ5, Taft RJ6, Nielsen LK4, Dinger ME7, Mattick JS7.

这篇文章详细阐释了利用罗氏NimbleGenSeqCap EZ Choice 探针捕获cDNA后测序的方法。作者认为:与全转录组RNA-Seq相比,RNA 捕获测序是一个更加高效的对基因表达进行定性定量研究的方法。RNA 捕获测序的方法除了能准确保留除高表达的基因外的其他基因在原来RNA样本中的相对表达丰度,在样本制备的过程中还可以引入混样(multiplex)的操作方法来提高捕获效率,由此试剂成本可也大大降低。

3.J MolDiagn. 2014 Jul;16(4):440-51. doi: 10.1016/j.jmoldx.2014.03.004. Epub 2014 May 9. cDNA hybrid capture improves transcriptome analysis on low-input and archived samples. Cabanski CR1, Magrini V2, Griffith M2, Griffith OL1, McGrath S3, Zhang J1, Walker J3, Ly A3, Demeter R3, Fulton RS3, Pong WW4, Gutmann DH5, Govindan R1, Mardis ER6, Maher CA7.

本文比较了RNA-seq和RNA捕获测序方法对鲜冻样本和FFPE样本进行实验的结果。实验发现临床新鲜冷冻(FF)和FFPE样本用RNA捕获可以优化测序结果:提高FFPE样本单核苷酸(SNVs)核实率;标准化测序数据后,RNA提供更多数据量支持每个基因融合;克服由于甲醛固定引起RNA降解表达水平检测障碍和确定低起始量基因表达水平,起始量可低至10ng;尽管有额外的序列捕获步骤,但是考虑到可以增加可用测序数据,cDNA捕获花费仍比RNA-Seq的少50%。RNA捕获提供了更均一和更全面的覆盖率,这对于从低含量量样本中得到足够的覆盖深度有着较大优势,同时最大化珍贵临床样本转录组检测信息利用率。

篇幅有限,我们下期再一起学习RNA序列捕获技术的相关研究,下周见。