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公司新闻

盘点RNA序列捕获最新出炉文献(下)

发布时间:2015-04-07 15:49 |  点击次数:

上周我们一起回顾了3篇关于RNA序列捕获的研究文章,这周我们再来看3篇近期发表的文献:

1.Nat Biotechnol. 2014 Sep;32(9):903-14. doi: 10.1038/nbt.2957. Epub 2014 Aug 24. A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium. SEQC/MAQC-III Consortium.

由FDA牵头的旨在评估RNA-seq准确性、可重复性及信息量的测序质量控制项目(SEQC/MAQC-III)初步结果发表,为评估RNA-seq数据分析提供了宝贵的资源,同时也让人们看到了RNA-seq的短板:对于低表达量的基因,测序结果可重复性低,想要测到这些基因,只能增大测序深度;原本被人们认为是RNA-seq检测优势的可变剪切的检测,由于覆盖junction的Reads太少而变得更具随机性;对于新剪切位点的发现,评估结果显示测得越多,发现的越多,测到1.2Tb reads时仍旧没有尽头。NimbleGen于2015年推出RNA系列捕获产品,通过对探针的设计可以准确捕获所需区域RNA序列,配合control序列仅需RNA-Seq 1/20的测序量即可实现对转录本的准确定量,正是希望能够帮助科学家们解决这样的瓶颈问题。

2.Genome Res. 2015 Feb;25(2):290-303. doi: 10.1101/gr.182899.114. Epub 2015 Jan 5. Genome-wide discovery of human splicing branchpoints. Mercer TR1, Clark MB2, Andersen SB3, Brunck ME3, Haerty W4, Crawford J5, Taft RJ6, Nielsen LK3, Dinger ME1, Mattick JS7.

研究人员利用SeqCap全外显子组捕获产品对人的全转录本进行了检测,在10000多个基因中鉴定出59,359个高可信人源剪切分支位点,绘制出第一张人类基因组剪切位点图。相比200多篇已发表的RNA-Seq文献,NimbleGen能产生更多有价值的数据来确定剪切分支位点,较之于传统的RNA-seq或其他方法,SepCap产生的结果包含较多剪切分支位点的测序数据。该项研究展示了利用靶向序列捕获的优势——在100x 富集情况下,剪切分支位点序列的富集提高了10倍。

3.Nat Methods. 2015 Mar 9. doi: 10.1038/nmeth.3321. Quantitative gene profiling of long noncoding RNAs with targeted RNA sequencing. Clark MB1, Mercer TR2, Bussotti G3, Leonardi T3, Haynes KR4, Crawford J5, Brunck ME6, Cao KA7, Thomas GP4, Chen WY2, Taft RJ8, Nielsen LK6, Enright AJ3, Mattick JS2, Dinger ME2.

该研究比较了RNA捕获测序(CaptureSeq),定量RT-PCR和RNA-seq技术在20个人体组织中的组装和量化lncRNA和新颖编码外显子的能力。RNA捕获测序对低表达基因定量检测水平,几乎没有任何技术差异而且能精确地测量表达差异。另外,RNA捕获测序还可以通过检测特定疾病基因的表达,快速诊断疾病。诊断血液肿瘤时,RNA捕获测序可以通过检测“融合基因”的存在,提高疾病的诊断效率,定制化的RNA捕获可以一次完成对200个已知融合基因的检测,节省了大量的时间和金钱。

诸多的文献案例验证了RNA捕获测序方法的好处,还在做RNA-seq的您是不是也有些蠢蠢欲动啦,如果对SeqCap RNA捕获测序产品有兴趣也可以登陆查看我们的网络课堂上关于该产品的介绍:http://webinar.b.bioon.com.cn/live-info/webinar_roche7.html